1  Préparez-vous

Lisez attentivement ce chapitre pour vous assurer que vous serez prêt à commencer le cours.

1.1 Installer R et RStudio

Pendant le cours, on utilisera le langage R dans RStudio, un environnement de développement. Les deux outils sont gratuits, mais ils sont distincts : il faut installer R avant d’installer RStudio.

Téléchargez les deux outils à partir de la page d’installation de RStudio Desktop. Si vous utilisez un Mac, assurez-vous d’avoir complété correctement l’installation. Si votre système d’exploitation est trop ancien pour les versions actuelles, consultez le plan de secours avec Posit Cloud.

1.2 Télécharger et décompresser le projet du cours

  1. Téléchargez LNG1100.zip à partir de Brio.
  2. Décompressez le fichier ZIP. Il ne faut pas travailler directement dans le fichier ZIP.
  3. Déplacez le dossier décompressé LNG1100 vers un emplacement permanent et facile à retrouver, par exemple dans votre dossier Documents.

Évitez de laisser le dossier dans Téléchargements : il sera plus difficile à retrouver et pourrait être supprimé par erreur.

Les principaux éléments du dossier devraient être organisés ainsi :

LNG1100/
├── LNG1100.Rproj
├── README.md
├── donnees/
├── problemes/
├── quarto/
└── scripts/

1.3 Toujours ouvrir le projet RStudio

Dans le dossier LNG1100, double-cliquez sur LNG1100.Rproj. Cette étape ouvre RStudio à la racine du projet, c’est-à-dire au bon endroit pour trouver les scripts et les données du cours.

Important

Ne commencez pas en ouvrant simplement RStudio ou en double-cliquant sur un script .R. Commencez toujours par LNG1100.Rproj.

Voici l’interface de RStudio :

L’interface de RStudio : cliquez pour agrandir

L’interface de RStudio : cliquez pour agrandir

Dans la capture d’écran ci-dessus, vous voyez les zones principales :

  1. La Console permet d’interagir immédiatement avec R. Le Terminal se trouve dans un autre onglet de cette zone.
  2. L’onglet Files montre les fichiers et dossiers du projet.
  3. L’onglet Environment liste les variables et objets créés.

1.4 Installer tidyverse

Le cours utilise l’ensemble de bibliothèques tidyverse. Dans la console de RStudio, exécutez :

install.packages("tidyverse")

Attendez la fin de l’installation, puis vérifiez qu’elle a réussi :

library(tidyverse)

install.packages("tidyverse") installe les bibliothèques sur l’ordinateur et ne doit normalement être exécuté qu’une seule fois. library(tidyverse) les charge dans une séance de travail et doit être exécuté chaque fois qu’un script en a besoin. Il ne sera pas possible de suivre le cours sans avoir installé tidyverse.

Si l’installation échoue, consultez le chapitre sur les problèmes techniques. Consultez également les matériels sur Brio et le chapitre 6 de Barnier (2023) ici.

Installation de tidyverse

Installation de tidyverse

1.5 Vérifier la racine du projet

Dans la console de RStudio, exécutez :

file.exists("donnees/villes.csv")

Si R affiche [1] TRUE, le projet est ouvert correctement. Si R affiche [1] FALSE, fermez RStudio, retrouvez le dossier LNG1100 décompressé, puis ouvrez de nouveau LNG1100.Rproj.

Dans l’onglet Files, vous devriez également voir les dossiers donnees, problemes, quarto et scripts.

1.6 Ajouter de nouveaux fichiers

Lorsque vous téléchargez un nouveau fichier pour le cours :

  • placez les fichiers de données (.csv, .RData, etc.) dans donnees;
  • placez les scripts R (.R) dans scripts;
  • placez les fichiers associés à un problème dans le dossier du problème correspondant.

Déplacez le fichier à l’aide du Finder (macOS) ou de l’Explorateur de fichiers (Windows), puis vérifiez qu’il apparaît dans l’onglet Files de RStudio.

Dans vos scripts, utilisez toujours des chemins relatifs à la racine du projet :

read_csv("donnees/villes.csv")

N’utilisez pas setwd() et n’écrivez pas le chemin complet propre à votre ordinateur. Les chemins relatifs permettent au même script de fonctionner sur n’importe quel ordinateur.

1.7 Quelques suggestions

Pour modifier les réglages de RStudio, allez à Tools > Global Options.... Vous pouvez cliquer sur les captures d’écran ci-dessous pour les agrandir.

Sélectionnez « Use native pipe operator »

Sélectionnez « Use native pipe operator »

Sélectionnez « Use rainbow parentheses »

Sélectionnez « Use rainbow parentheses »

Choisissez un thème si vous voulez

Choisissez un thème si vous voulez

1.8 Plan de secours : utiliser Posit Cloud

Si vous rencontrez un problème majeur avec R ou RStudio sur votre ordinateur, vous pouvez temporairement travailler dans Posit Cloud. Vous aurez besoin d’un compte Posit Cloud, mais vous n’avez pas besoin d’installer R, RStudio ou Git sur votre ordinateur.

Pour créer une copie du projet du cours :

  1. Connectez-vous à Posit Cloud.

  2. Cliquez sur New Project.

  3. Choisissez New Project from Git Repo.

  4. Collez l’adresse du dépôt :

    https://github.com/guilhermegarcia/LNG1100.git

  5. Créez le projet et attendez que RStudio s’ouvre.

  6. Vérifiez la racine du projet dans la console :

    file.exists("donnees/villes.csv")

    Le résultat devrait être [1] TRUE.

  7. Installez tidyverse dans ce projet Posit Cloud :

    install.packages("tidyverse")

    Attendez la fin de l’installation. Cette étape ne doit normalement être effectuée qu’une seule fois dans ce projet.

  8. Chargez ensuite tidyverse :

    library(tidyverse)

Le projet créé dans Posit Cloud contient les fichiers du dépôt Git, mais pas les fichiers créés ou modifiés uniquement sur votre ordinateur. Au besoin, utilisez le bouton Upload dans l’onglet Files pour téléverser une copie de vos scripts ou autres fichiers.

1.8.1 Mettre à jour ou réinitialiser le projet dans Posit Cloud

Si les fichiers du cours dans votre projet Cloud ne sont plus à jour ou ont été modifiés par erreur, ouvrez l’onglet Terminal de RStudio et exécutez :

git fetch origin
git reset --hard origin/main

La première commande récupère la version la plus récente du dépôt. La seconde remet les fichiers suivis par Git dans exactement le même état que ceux du dépôt du cours.

Avertissement

La commande git reset --hard efface toutes les modifications apportées aux fichiers suivis par Git. Avant de l’exécuter, téléchargez une copie de tout script ou fichier important que vous avez modifié. Cette commande ne récupère pas les fichiers qui existent uniquement sur votre ordinateur.

Si vous préférez repartir à neuf, vous pouvez aussi créer un nouveau projet Posit Cloud à partir du dépôt Git en répétant les étapes ci-dessus.

Posit Cloud constitue un plan de secours. La méthode normale pour le cours demeure le projet local ouvert à partir de LNG1100.Rproj.

1.9 Synthèse

Avant de continuer, assurez-vous d’avoir accompli les étapes suivantes :

  1. Installer R, puis RStudio.
  2. Télécharger et décompresser LNG1100.zip.
  3. Déplacer le dossier LNG1100 dans un emplacement permanent.
  4. Ouvrir LNG1100.Rproj.
  5. Installer tidyverse.
  6. Vérifier que file.exists("donnees/villes.csv") retourne TRUE.

La création d’un compte Posit Cloud est facultative et sert uniquement de plan de secours.